公司物流成本管理系统有等不同的层次，它构成了物流成本管理的基本内容

解析：

在物流成本管理的宏大棋局中，有三个层次各自发挥着不可或缺的作用。让我们逐一揭开它们的神秘面纱：

第一层次是物流成本核算层。在这一层次中，核心任务是明确物流成本的构成内容，对物流总成本进行科学分配和归集核算。这里的核算工作有着明确的目的，旨在为企业决策者提供准确、全面的物流成本信息。

第二层次是物流成本管理层。在这一层次，基于第一层次的核算结果，运用各种成本管理与管理会计方法，精心管理和控制物流成本。这是物流管理中非常关键的一环，旨在通过有效的成本控制，提升企业的整体盈利水平。

第三层次是物流成本效益评估层。在这一层次，不仅关注物流成本的核算，更着眼于物流系统对公司收益的贡献程度进行评价。通过对物流系统的经济效益进行全面评估，为企业决策者提供有关物流投资效益的宝贵信息。

这三个层次共同构成了完整的物流成本管理框架，相互关联、层层递进，共同为企业的可持续发展和竞争力提升提供有力支持。